DIGITALNA ARHIVA ŠUMARSKOG LISTA
prilagođeno pretraživanje po punom tekstu



ŠUMARSKI LIST 11-12/2012 str. 30     <-- 30 -->        PDF

Za izračunavanje matrice genetske udaljenosti između genotipova na temelju udjela zajedničkih alela (Proportion of Shared Alleles Distance; DPSAM) (Bowcock i dr. 1994), korištena je ishodišna matrica umnoženih fragmenata pet mikrosatelitnih biljega. Kao mjerilo sličnosti prvo je izračunat udio zajedničkih alela (Proportion of Shared Alleles; PSA), na čemu je bazirana i genetska udaljenost za parove genotipova (DPSAM). Za izračun genetske udaljenosti na temelju udjela zajedničkih alela (DPSAM) korišten je računalni program MICROSAT (Minch 1997).
Konačno je na temelju matrice DPSAM, pomoću "metode razlaganja zvijezde" (star decomposition method), prema Saitou i Nei (1987), generirano i nezakorijenjeno Neighbor-Joining stablo (NJ). Time je stupanj genetske sličnosti između uzorkovanih jedinki, odnosno objedinjenih multilokusnih genotipova (MGO), prikazan i grafički. Pouzdanost skupina na Neighbour-Joining nezakorijenjenom stablu, ispitana je analizom bootstrap (Felsenstein 1985). U nastavku je na temelju 1000 pseudoponavljanja bootstrap proveden izračun matrica DPSAM, kao i izrada 1000 stabala Neighbour Joining, koja su uspoređena s izvornim stablom. Filogram je izrađen putem računalnog programa NEIGHBOR, dok su vrijednosti bootstrap izračunate pomoću računalnog programa CONSENSE, sve u programskom paketu PHYLIP (Felsenstein 1993).
Rezultati
Results
Analiza genetske raznolikosti pomoću pet mikrosatelitnih biljega, prikazala je prisutnost 11 multilokusnih genotipova na uzorku od 72 jedinke (Tablica 2). Za dobivene multilokusne genotipove pretpostavlja se da pripadaju različitim kultivarima. Duljina mikrosatelita, umnoženih lančanom reakcijom polimerazom i detektiranih pomoću kapilarne elektroforeze kretala se od 130 do 243 parova baza, a umnožena su ukupno 24 alela.
Prema dobivenoj alelnoj strukturi multilokusnih genotipova utvrđeno je da 58 jedinki dijeli zajedničke alele po svim analiziranim lokusima, tj. da posjeduju uniformnu genetsku strukturu, te su iste označene kao kultivar MG01. Kultivaru MG02, koji se od prethodnog razlikuje u samo jednom alelu pripisano je pet jedinki. Preostalih devet individua, koje su se prema broju parova baza pojedinog lokusa međusobno dosta razlikovale, označene su kao devet različitih kultivara: MG03, MG04, MG05, MG06, MG07, MG08, MG09, MG10, MG11. Utvrđeno je i osam jedinstvenih alela (po jedan za kultivare MG02, MG04, MG07, MG08, MG09, MG10 te dva za kultivar MG11) koji bi se prilikom genotipizacije mogli koristiti kao dijagnostički biljezi (Tablica 2).